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    質(zhì)粒提取濃度低的原因

    更新時(shí)間:2025-08-18點(diǎn)擊次數(shù):2140
     質(zhì)粒提取濃度低?6大核心原因+解決方案避坑指南的知識(shí)干貨,分享給每位同學(xué)~

    一、質(zhì)粒濃度低直接后果:實(shí)驗(yàn)全線崩潰!

    當(dāng)質(zhì)粒濃度<50 ng/μL時(shí):

    1. 轉(zhuǎn)化失敗率↑ 300%

    2. 測(cè)序信號(hào)弱(峰圖碎裂)

    3. 酶切/連接效率暴跌

    立即排查以下6大關(guān)鍵環(huán)節(jié)!

    二、質(zhì)粒濃度低的6大核心原因 + 破解方案

    原因1:菌體量不足(占比~35%

    錯(cuò)誤操作:
    ? OD???0.6 收菌 菌數(shù)太少
    ? 離心轉(zhuǎn)速<6000g → 菌體丟失

    解決方案:

    收菌標(biāo)準(zhǔn):OD???=0.8-1.0(對(duì)數(shù)生長(zhǎng)期)

    離心參數(shù):≥ 12,000g × 2min(確保菌體沉淀緊密)

    自檢工具:菌泥體積應(yīng)達(dá) 1.5-2ml/L培養(yǎng)基(LB培養(yǎng)基)

    原因2:裂解不徹*(致命環(huán)節(jié)!)

    裂解失敗標(biāo)志:溶液粘稠拉絲(基因組DNA污染)

    高頻錯(cuò)誤:

    錯(cuò)誤操作

    正確方案

    裂解時(shí)間>5min

    ≤4min(強(qiáng)振蕩混勻60s

    未使用RNase A

    添加終濃度100μg/ml RNase

    裂解液溫度<20℃

    預(yù)熱至室溫(25℃

    原因3:結(jié)合/洗脫效率低(柱膜法專屬)

    硅膠柱關(guān)鍵參數(shù):

     

    問題環(huán)節(jié)

    優(yōu)化方案

    結(jié)合pH偏離

    加中和液后pH=7.0-7.5(試紙監(jiān)測(cè))

    膜堵塞

    離心前不過濾裂解液(避免雜質(zhì)堵膜)

    洗脫液未預(yù)熱

    60℃預(yù)熱的ddH?OEB緩沖液

    洗脫體積過大

    ≤50μl(分兩次洗脫合并)

    原因4:質(zhì)粒拷貝數(shù)低(質(zhì)粒自身問題)

    低拷貝質(zhì)粒示例:

    pBR32215-20 copies/cellVS pUC500-700 copies/cell

    破解策略:

    添加 拷貝數(shù)增強(qiáng)劑(如氯霉素用于pBR系列)

    更換 高拷貝載體(如pET-28a, pGEX

    原因5:試劑盒性能缺陷(省錢反誤事)

    劣質(zhì)試劑盒4大罪狀:

    硅膠膜載量<20μg(大提質(zhì)粒崩潰)

    溶菌酶活性不足(針對(duì)革蘭陽性菌)

    乙醇?xì)埩魧?dǎo)致酶失活

    內(nèi)毒素污染(影響轉(zhuǎn)染)

    選型黃金標(biāo)準(zhǔn):

    參數(shù)

    要求

    載量

    ≥50μg(中提)

    內(nèi)毒素

    0.1EU/μg

    洗脫濃度

    ≥150ng/μl(實(shí)測(cè)值)

    原因6:樣本儲(chǔ)存/操作失誤

    DNA降解:

    ? 反復(fù)凍融>3→ 濃度折半!

    ? -20℃儲(chǔ)存>6個(gè)月 斷裂成小片段

    拯救方案:

    分裝儲(chǔ)存于-80℃(可保存2年)

    溶解時(shí)用TE緩沖液(EDTA抑制DNase

    三、質(zhì)粒解決方案:全流程優(yōu)化表

    步驟

    操作標(biāo)準(zhǔn)

    質(zhì)控點(diǎn)

    培養(yǎng)

    37℃ 220rpm ×16h

    OD???=0.8-1.0

    裂解

    輕柔顛倒混勻×8

    溶液透明無粘稠

    中和

    冰浴5min

    pH試紙檢測(cè)7.0±0.5

    過柱

    離心≤10,000g ×1min

    液體穿透

    洗脫

    60℃預(yù)熱液靜置2min

    回收率>85%

    濃度自檢:A???/A???=1.8-2.0(純度合格)

    聯(lián)系方式

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    (全國(guó)服務(wù)熱線)

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